GSE109887 是人脑颞中回middle temporal gyrusMTG的基因表达芯片数据。官方样本注释中有 46 份 AD、32 份 Control共 78 份样本平台为 Illumina HumanHT-12 v4 BeadChip。旧文中的“内侧颞回”现更正为“颞中回”。2026-09-17 已下载并读取 GEO 官方 SOFT 注释核对以上信息。本文说明数据身份、文件区别和开始分析前的检查不提供未经独立验证的诊断效果结论。论文标题提到甲基化为什么这里是表达数据官方系列标题提及阿尔茨海默病 DNA 甲基化、羟甲基化及 OXT。GEO 摘要同时明确本条目提交的是这项研究用于比较表观遗传变化与基因表达关系的 MTG 表达数据。因此不能仅看论文标题就将这个 GSE 当成甲基化芯片也不能把它写成单细胞或 RNA-seq 数据。下载前以系列的 Experiment type、平台和样本注释交叉确认。从官方入口获取什么打开 GSE109887 官方记录文件或入口用途SOFT family系列、平台和样本的结构化注释Series Matrix若使用对照其说明检查表达值、列名与处理状态GSE109887_MTG_non-normalized_GA_illumina_expression.txt.gz官方列出的未标准化表达补充文件文件名明确标有non-normalized不能下载后就直接声称是已完成标准化的最终分析矩阵。应结合平台、数据处理说明及数值分布确定后续方法。旧文的网盘入口被标记含异常文件另一条分享虽在导出表中显示“永久有效”实际打开却提示“文件已被分享者删除”。本次撤下旧下载推荐保留官方入口避免把分享有效期误当成文件完整性。如何独立核对 46 / 32 的样本数在官方页面下载GSE109887_family.soft.gz后用基础 R 检查每份样本的疾病状态字段con - gzfile(GSE109887_family.soft.gz, rt) lines - readLines(con, warn FALSE) close(con) sample_ids - sub(^\\^SAMPLE , , grep(^\\^SAMPLE , lines, value TRUE)) states - sub(^!Sample_characteristics_ch1 disease state: , , grep(^!Sample_characteristics_ch1 disease state: , lines, value TRUE)) stopifnot(length(sample_ids) 78L, !anyDuplicated(sample_ids)) stopifnot(length(states) length(sample_ids)) table(states)本次核对得到 AD 46、Control 32。这个检查用于确认总数不代替正式样本表构建分析对象时必须按 GSM 标识匹配表达矩阵不能只靠两个向量恰好长度相同。开始分析前还要确认什么先核对表达矩阵列名与样本标识、探针与基因注释关系、缺失值、样本分布、年龄及性别等协变量。跨数据集合并还要评估平台和批次差异。若做分类模型训练与测试划分应先确定特征筛选与参数选择不能提前使用测试集信息。单个公开队列上的拟合效果不等于临床诊断能力。本文不复述旧版中未逐篇核验的二次研究结论。来源NCBI GEO 系列记录、同条目提供的官方 SOFT family 文件。