物理生物学研究报告【20260007】

文章目录大规模序列比对测试报告一、测试结果二、总结大规模序列比对测试报告日期2026‑05‑19任务对 2000 条和 5000 条长度 100 的 DNA 序列进行全对相似度矩阵计算方法完全零预设L5/L6/L7 自适应闭环一、测试结果序列数量总对数候选对数量D模式耗时 (ms)C模式精算耗时 (ms)总耗时 (s)固化捷径2,000~2M21,51843462,91765.01175,000~12.5M91,5972,039316,168326.1117候选对比例约 1% → C 模式仅处理了 1% 的对大幅减少计算量。单对 C‑Mode 平均耗时2.9~3.5 毫秒。经验固化系统自主从比对中归纳出 117 条捷径可加速后续运行。成功完成了 5000×100 序列的全对相似度矩阵计算总耗时 5.5 分钟sengsengfedora:~/foresight$ ./msa_foreight_full test_data/seq_2000.fasta[DEBUG]程序启动[DEBUG]输入文件: test_data/seq_2000.fasta[ConsciousnessEngine]体感库 somatic_semantic.db 已自动附加[经验同步]导入完成:598条边,0条固化捷径[DEBUG]读取2000条序列长度100[TIME]读取 FASTA 文件耗时:499ms[DEBUG]序列数200使用 D 模式粗筛 C 模式精算[TIME]D 模式粗筛耗时:129ms 候选对比例:0.0107354候选过少降低阈值至0.04重跑 D 模式[TIME]D 模式粗筛耗时:305ms 候选对比例:0.0107644候选过少降低阈值至0.032重跑 D 模式[DEBUG]开始精算21518个候选对[DEBUG]已精算1000/21518 对[DEBUG]已精算2000/21518 对[DEBUG]已精算3000/21518 对[DEBUG]已精算4000/21518 对[DEBUG]已精算5000/21518 对[DEBUG]已精算6000/21518 对[DEBUG]已精算7000/21518 对[DEBUG]已精算8000/21518 对[DEBUG]已精算9000/21518 对[DEBUG]已精算10000/21518 对[DEBUG]已精算11000/21518 对[DEBUG]已精算12000/21518 对[DEBUG]已精算13000/21518 对[DEBUG]已精算14000/21518 对[DEBUG]已精算15000/21518 对[DEBUG]已精算16000/21518 对[DEBUG]已精算17000/21518 对[DEBUG]已精算18000/21518 对[DEBUG]已精算19000/21518 对[DEBUG]已精算20000/21518 对[DEBUG]已精算21000/21518 对[TIME]C 模式精算21518对耗时:62917ms[DEBUG]精算完成成功21518对[TIME]输出相似度矩阵耗时:0ms[DEBUG]结果已写入 similarity_matrix.csv 推理总结共0步 思考过程[经验同步]导出完成:598条边,117条固化捷径(session: exp_1779181180210812321)[DEBUG]程序正常退出[TIME]总耗时:65024ms(65.024s)sengsengfedora:~/foresight$ ./msa_foreight_full test_data/seq_5000.fasta[DEBUG]程序启动[DEBUG]输入文件: test_data/seq_5000.fasta[ConsciousnessEngine]体感库 somatic_semantic.db 已自动附加[经验同步]导入完成:598条边,117条固化捷径[DEBUG]读取5000条序列长度100[TIME]读取 FASTA 文件耗时:425ms[DEBUG]序列数200使用 D 模式粗筛 C 模式精算[TIME]D 模式粗筛耗时:622ms 候选对比例:0.00730138候选过少降低阈值至0.04重跑 D 模式[TIME]D 模式粗筛耗时:1417ms 候选对比例:0.00732923候选过少降低阈值至0.032重跑 D 模式[DEBUG]开始精算91597个候选对[DEBUG]已精算1000/91597 对[DEBUG]已精算2000/91597 对[DEBUG]已精算3000/91597 对[DEBUG]已精算4000/91597 对[DEBUG]已精算5000/91597 对[DEBUG]已精算6000/91597 对[DEBUG]已精算7000/91597 对[DEBUG]已精算8000/91597 对[DEBUG]已精算9000/91597 对[DEBUG]已精算10000/91597 对[DEBUG]已精算11000/91597 对[DEBUG]已精算12000/91597 对[DEBUG]已精算13000/91597 对[DEBUG]已精算14000/91597 对[DEBUG]已精算15000/91597 对[DEBUG]已精算16000/91597 对[DEBUG]已精算17000/91597 对[DEBUG]已精算18000/91597 对[DEBUG]已精算19000/91597 对[DEBUG]已精算20000/91597 对[DEBUG]已精算21000/91597 对[DEBUG]已精算22000/91597 对[DEBUG]已精算23000/91597 对[DEBUG]已精算24000/91597 对[DEBUG]已精算25000/91597 对[DEBUG]已精算26000/91597 对[DEBUG]已精算27000/91597 对[DEBUG]已精算28000/91597 对[DEBUG]已精算29000/91597 对[DEBUG]已精算30000/91597 对[DEBUG]已精算31000/91597 对[DEBUG]已精算32000/91597 对[DEBUG]已精算33000/91597 对[DEBUG]已精算34000/91597 对[DEBUG]已精算35000/91597 对[DEBUG]已精算36000/91597 对[DEBUG]已精算37000/91597 对[DEBUG]已精算38000/91597 对[DEBUG]已精算39000/91597 对[DEBUG]已精算40000/91597 对[DEBUG]已精算41000/91597 对[DEBUG]已精算42000/91597 对[DEBUG]已精算43000/91597 对[DEBUG]已精算44000/91597 对[DEBUG]已精算45000/91597 对[DEBUG]已精算46000/91597 对[DEBUG]已精算47000/91597 对[DEBUG]已精算48000/91597 对[DEBUG]已精算49000/91597 对[DEBUG]已精算50000/91597 对[DEBUG]已精算51000/91597 对[DEBUG]已精算52000/91597 对[DEBUG]已精算53000/91597 对[DEBUG]已精算54000/91597 对[DEBUG]已精算55000/91597 对[DEBUG]已精算56000/91597 对[DEBUG]已精算57000/91597 对[DEBUG]已精算58000/91597 对[DEBUG]已精算59000/91597 对[DEBUG]已精算60000/91597 对[DEBUG]已精算61000/91597 对[DEBUG]已精算62000/91597 对[DEBUG]已精算63000/91597 对[DEBUG]已精算64000/91597 对[DEBUG]已精算65000/91597 对[DEBUG]已精算66000/91597 对[DEBUG]已精算67000/91597 对[DEBUG]已精算68000/91597 对[DEBUG]已精算69000/91597 对[DEBUG]已精算70000/91597 对[DEBUG]已精算71000/91597 对[DEBUG]已精算72000/91597 对[DEBUG]已精算73000/91597 对[DEBUG]已精算74000/91597 对[DEBUG]已精算75000/91597 对[DEBUG]已精算76000/91597 对[DEBUG]已精算77000/91597 对[DEBUG]已精算78000/91597 对[DEBUG]已精算79000/91597 对[DEBUG]已精算80000/91597 对[DEBUG]已精算81000/91597 对[DEBUG]已精算82000/91597 对[DEBUG]已精算83000/91597 对[DEBUG]已精算84000/91597 对[DEBUG]已精算85000/91597 对[DEBUG]已精算86000/91597 对[DEBUG]已精算87000/91597 对[DEBUG]已精算88000/91597 对[DEBUG]已精算89000/91597 对[DEBUG]已精算90000/91597 对[DEBUG]已精算91000/91597 对[TIME]C 模式精算91597对耗时:316168ms[DEBUG]精算完成成功91597对[TIME]输出相似度矩阵耗时:0ms[DEBUG]结果已写入 similarity_matrix.csv 推理总结共0步 思考过程[经验同步]导出完成:598条边,117条固化捷径(session: exp_1779181512431656243)[DEBUG]程序正常退出[TIME]总耗时:326076ms(326.076s)二、总结零预设所有数值参数阈值、步数、空位罚分、稀疏度均由AI引擎动态调制无人工预设。自适应D 模式自动调整阈值候选对比例稳定在 1%~1.5%。物理可解释C‑Mode 得分。L5/L6/L7 闭环L5验证候选验证候选对合法性。L6逻辑拆解生成禁止规则避免重复错误。L7跨域自指监控背离度调制基线。经验复用117 条固化捷径已存入经验库跨任务可迁移。